Une surintendance des Beaux-Arts est créée par décret impérial le 29 juin 1863. Elle est rattachée au ministère de la Maison de l'Empereur et confiée au directeur général des musées, le comte de Nieuwerkerke. Celui-ci conserve ce poste jusqu'en 1870 au moment où les Beaux-Arts quittent le ministère de la Maison de l'Empereur.

En effet, du 2 janvier au 23 août 1870, l’éphémère ministère des Lettres, Sciences et Beaux-Arts récupère notamment les Beaux-Arts. Suite à la suppression du ministère des Lettres, Sciences et Beaux-Arts, la direction des Beaux-Arts rejoint durablement le ministère de l’Instruction publique par décret le 5 septembre 1870.