La Secrétairerie d’État est créée par un arrêté des consuls du 4 nivôse an VIII (25 décembre 1799). Sous l’Empire, elle est incluse dans les attributions de la Maison civile de l’Empereur. Elle est érigée en ministère en 1804, son titulaire prenant, à partir du 10 juillet, le titre de « ministre secrétaire d’État ». Hugues Maret, duc de Bassano, en est la figure centrale : diplomate sous la Révolution, il est nommé secrétaire général des consuls par un arrêté du 20 brumaire an VIII, puis secrétaire d’État par un arrêté du 4 nivôse suivant, et enfin secrétaire d’État impérial le 10 juillet 1804. Maret remplit ces fonctions du Consulat à l’Empire, à l’exception de la période comprise entre le 17 avril 1811 et novembre 1813, période durant laquelle il est remplacé par Pierre Daru.

La Secrétairerie d’État est conçue par les consuls comme la continuation directe du secrétariat général organisé par Joseph-Jean Lagarde pour le Directoire exécutif. Ce service est en effet conservé par les consuls après le 18 Brumaire et mobilisé dans les mêmes conditions ; la plupart des employés du secrétariat général du Directoire conservent leurs fonctions sous le Consulat au sein de la Secrétairerie d’État, qui hérite ainsi d’une administration avertie, fortement structurée et centralisée. C’est vers la Secrétairerie d’État que convergent toutes les affaires des départements ministériels et dans ses archives que sont conservés les documents qui constituent la mémoire du Gouvernement depuis la Révolution.

La Secrétairerie d’État est supprimée par ordonnance du 6 août 1817.