Lors des guerres de Religion, le parlement de Toulouse prit le parti de la Ligue et se rapprocha du duc de Mayenne, frère du duc de Guise, qui avait pris le titre de lieutenant général de l’État et était devenu, après l’assassinat de ses frères, l’adversaire d’Henri III et du roi de Navarre. C’est alors qu’eurent lieu à Toulouse des émeutes d’une extrême violence au cours desquelles la population, favorable à la Ligue et réclamant la déchéance d’Henri III à cause de son alliance avec le protestant Henri de Navarre, assassina le 10 février 1589 le premier président du parlement Jean Étienne Duranti à cause de sa fidélité au roi (voir la perquisition effectuée chez lui en janvier 1589 : 1 B 4584). En conséquence de l’attitude des toulousains et des parlementaires, le roi décida de transférer la cour à Carcassonne, ville restée fidèle à la Couronne. Cette assemblée siégea depuis le 11 novembre 1589 jusqu’à la fin de 1591 puis, après la prise de la ville par le duc de Joyeuse, chef de la Ligue, elle se transféra à Béziers de 1592 à 1595. Mais les magistrats ligueurs, ne reconnaissant pas le parlement royaliste, continuèrent à tenir leurs séances à Toulouse jusqu’à ce qu’eux-mêmes se divisent, en avril 1595, les plus modérés d'entre eux allant siéger à Castelsarrasin. Enfin, en mai 1595, les efforts d’Henri IV réussirent à regrouper à Castelsarrasin les parlementaires qui y siégeaient déjà et ceux qui étaient à Béziers. Le schisme se termina enfin par un retour triomphal à Toulouse le 1er avril 1596.

Pour le parlement siégeant à Toulouse, il convient de se reporter aux répertoires des différentes chambres.

Pour les autres parlements sont conservés des registres d'enregistrement des actes royaux et des registres d'arrêts civils et criminels :

Parlement siégeant à Carcassonne :

Enregistrement des actes royaux (1590-1591) : 1 B 1971

Audiences (novembre 1589-octobre 1591) : 1 B 2467, 1 B 92 P, 1 B 4782

Clausions prises au greffe (octobre 1589-novembre 1590) : 1 B 92 O

Arrêts (novembre 1589-mai 1591) : 1 B 92 B, 1 B 92 C

Minutes de décrets (23 mars 1590-juin 1591) : 1 B 2468

Parlement siégeant à Béziers :

Enregistrement des actes royaux (1591-1595) : 1 B 1972

Arrêts (juillet 1593-novembre 1595) ; 1 B 92 D et 1 B 92 S, 1 B 4783

Minutes de décrets (octobre 1594-avril 1595) : 1 B 92 Q et 1 B 92 R

Parlement siégeant à Castelsarrasin :

Enregistrement des actes royaux (1594-1595) : 1 B 1973

Arrêts (juillet 1593-avril 1595) : 1 B 92 E, 1 B 92 F et 1 B 92 G