Dans un premier temps, l'opération de classement a consisté a identifier des documents contenus dans le vrac, afin de distinguer ceux appartenant à la justice de paix, et ceux relevant du tribunal de commerce. La lecture de l'ensemble des pièces s'est révélée nécessaire pour séparer les deux activités, et notamment l'ensemble de la correspondance. En effet, de 1924 à 1957 un seul greffier cumule les deux charges. Les documents pouvaient donc être destinés au greffier de paix, sans que leur contenu relève pour autant de la justice de paix, ou bien même être adressés " au greffier de paix et de commerce ". Une difficulté supplémentaire apparue avec la découverte d'archives émanant de la commune de Saint-Martin-de-Ré et issus d'autres justices de paix. Les premières ont été réintégrées au sein des archives de la ville suivant le principe du respect des fonds, les secondes, en tant que documents personnels des greffiers et issus d'activités antérieures, ont été considérées comme faisant partie intégrante du fonds. Les documents de la justice de paix ont ensuite été classés par type d'activité et par ordre chronologique. Les pièces éparses des procédures ont été réintégrées dans leur dossier et les minutes isolées on été incorporées à la collection d'origine. Ce travail de réorganisation effectué, la tâche était alors de rattacher ces archives aux documents sommairement identifiés en 2004.

Il a été décidé de présenter en tête d'inventaire les documents propres à l'administration de la justice de paix : gestion matérielle, humaine et financière du tribunal ainsi que son fonctionnement interne. Il s'agit notamment de la comptabilité, des recettes, des frais engagés et des inventaires du mobilier. En revanche aucun dossier n'a été retrouvé concernant la construction et l'entretien des locaux. Figure dans cette partie, les procès-verbaux de nominations et d'installation du personnel du tribunal. Tout ce qui concerne la documentation administrative et les documents de travail, ainsi que la correspondance provenant des associations professionnelles ont été placés ici.

La deuxième partie est consacrée aux activités du juge de paix. Un premier ensemble concerne à la fois les actes de police administrative et les documents juridictionnels émanant du juge de paix. Pour cet ensemble le classement opéré par les greffiers a été conservé. En tête, viennent les répertoires, puis les rôles d'audiences. Les répertoires sont de véritables instruments de recherche puisqu'ils recensent, avec une lacune pour la période 1857-1900, l'ensemble des actes et jugements du juge de paix. Vient ensuite, une collection des actes de police et des minutes de jugement. A l'intérieur de cette collection, le classement des pièces a varié suivant les périodes et les greffiers. Ainsi de l'an XI à 1855, les actes de police et les jugements sont mélangés suivant un ordre d'enregistrement strict. Toutefois, la nature de chaque acte est généralement précisée : jugements civils et de simple police, procès verbaux d'actes, déclarations ou bien encore attestations. A partir de 1856, le greffier enregistre séparément les actes de police administrative et les actes juridictionnels. Pour ces derniers, il opère une distinction entre les minutes civiles, les minutes pénales, les jugements en matière électorale, les jugements en matière prud'homale et les procès-verbaux de conciliations et de non conciliations. Ces modalités de classement ont été respectées. Un deuxième ensemble est consacré aux dossiers de procédures et aux pièces à l'appui concernant les actes de police. Il est organisé par ordre logique. Parmi les plus significatifs, il s'agit des procès-verbaux d'installation des personnels assermentés, de l'inscription des élèves de pharmacie en stage dans le canton, de la certification des registres de logeurs et des livres de paie, de la surveillance du versement des retraites ouvrières et paysannes. Dévolu aux dossiers de procédure civile, l'ensemble suivant présente les dossiers contentieux, de règlement à l'amiable et la juridiction gracieuse. Il s'agit aussi bien du contentieux général, des saisies-arrêt sur salaire, des contestations électorales, des conflits du travail que des enquêtes menées par le juge de paix en matière de divorce . La juridiction amiable comprend outre les dossiers de procédures, les registres de convocation, intitulés " avertissement " et un dossier relatif aux réquisitions militaires. Trois thèmes classés alphabétiquement relèvent de la juridiction gracieuse : les accidents du travail ; les documents attachés aux conseils de famille et les avis liés à la surveillance des intérêts des mineurs, des absents ou interdits ; les archives liées à l'apposition et à la levée des scellés. Le dernier ensemble est consacré à la procédure pénale. Figure dans cet ensemble la correspondance administrative, le registre des réprimandes adressées aux mineurs et les dossiers d'affaire contenant les convocations, les informations criminelles, les commissions rogatoires, les dépositions de témoins, les dossiers de procédures, les appels et les amendes de compositions. Afin d'en faciliter l'accès, les instances spécialisés qui composent la troisième partie de ce plan de classement, ont été séparés des autres ensembles. Ils ont été scindés en deux : les instances administratives d'une part et les instances sociales d'autre part, à l'intérieur desquelles un classement alphabétique a été opéré. Figure au nombre des instances administratives : la commission cantonale de lutte contre la fièvre aphteuse, la commission cantonale de révision, la commission cantonale pour la formation du jury criminel, la commission communale de remembrement de Sainte-Marie-de-Ré, la commission chargée de recueillir et de constater les usages locaux, la commission cantonale et le tribunal paritaire cantonal des baux ruraux, le conseil cantonal de tutelle. Les instances sociales regroupent les commissions cantonales d'assistance pour lesquelles a été ouvert un registre de délibération commun. Quant aux dossiers de procédures, ils concernent : la commission cantonale d'assistance aux aliénés, aux familles, aux femmes en couche, aux incurables et aux vieillards, la commission cantonale d'assistance aux militaires, la commission cantonale d'assistance aux militaires soutiens de famille, la commission cantonale d'assistance aux réfugiés et la commission cantonale de solidarité. Figure également les dossiers de la commission cantonale d'assurance sociale et de la commission cantonale de contrôle des prix des locations consenties aux réfugiés. La dernière partie est dévolue aux autres activités des juges de paix, puis des greffiers. Elles concernent soit des occupations liées à leurs fonctions, soit des occupations fondées sur le rôle social du juge de paix et du greffier. Pour les juges de paix, elles ont trait notamment à l'organisation des élections. Les activités des greffiers sont présentées par greffiers : J. Moreau, Jean-Ernest Cazaute, Pierre Bloquel et Ernest Demilly. Il s'agit de la correspondance personnelle, de documents émanant d'autres greffes de paix ou relatifs à des fonctions diverses : agent sanitaire, activités journalistiques, locations estivales, mandataire d'établissement.